CDK16抑制剂回归建模突破;AR降解剂AI平台亮相

今日概览

  • CDK16抑制剂发现:对接增强回归建模 首次将多姿态对接数据用于回归型QSAR,直接改善模型输入质量。
  • 混合量子–机器学习工作流:药物设计、材料发现与反应机理预测的综述与定量验证层次 仅收录经 3×300 ns 或 1×500 ns MD 模拟验证的虚拟筛选,提供可核查的 in silico 基准
  • AI平台设计AR降解剂抗前列腺癌 AIMCADD+AIMLinker闭环设计,先算三元复合物稳定性再AI生成连接臂。

也值得关注

04
DUW-MGCA:混合QM/MD数据的不确定性加权多粒度共注意力蛋白-配体互作预测框架分子对接与结合

以SE(3)等变图网络动态融合QM与MD模态,在HiQBind-MISATO上RMSE降至0.979 kcal/mol,R达0.931,单GPU推理约1分钟。 链接(Chem)

05
AI加速B7-H3/DLL3环肽放射配体发现筛选、表型与靶点发现

整合深度测序共识解析、AlphaFold3复合物建模与SPR/光谱位移筛选,从1.5×10¹¹噬菌体库中筛得15/40个结合克隆,合成肽KD 8.2×10⁻⁷ M且对同源蛋白选择性>3倍,完成in vitro结合与内吞验证。 链接

06
癌症药敏预测中的数据泄漏系统性高估准确性组学与生物标志物

作者发现先在全体样本上做监督特征筛选再交叉验证会泄漏信息,在265种药物、1462株细胞系中使MSE平均膨胀16.6%,72%已发表方法存在同类泄漏并夸大了预测性能。 链接

07
9 万实验值公开基准测试 7 种 pKa 预测算法通用 AIDD

作者整合 9 万条水相 pKa 实验数据建成 pKahub,系统比较 ACD/Labs、Chemaxon、Epik 与 MolGpKa 等 4 款开源机器学习模型,发现开源方法在大规模计算中已可与商用工具竞争,但多质子分子一致性仍是短板。 链接(Chem)

08
溃疡性结肠炎坏死性凋亡核心靶点与天然抑制剂的生物信息学-虚拟筛选联合发现分子生成与优化

整合生物信息学与分子对接-动力学模拟,从坏死性凋亡相关基因中锁定溃疡性结肠炎枢纽靶点并筛得潜在天然抑制剂,经in silico验证结合稳定性优于对照。 链接

09
STAT3浅位点小分子结合剂的MD-药效团-机器学习发现流程分子动力学

整合分子动力学模拟、药效团建模与机器学习,建立针对STAT3浅结合位点的计算筛选工作流,无需实验验证即可in silico预测小分子结合剂。 链接

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CertisAI Assistant:实时预测治疗反应的肿瘤模型选择平台组学与生物标志物

整合 CCLE 与 PDX 数据训练 ensemble 模型,用户上传 SMILES/FASTQ 即可即时获得单药-联合治疗预测,并通过自然语言交互完成模型比较与可视化,但摘要未提供任何 in vitro/in vivo 验证或性能基准数据。 链接

11
单细胞解析CML停药后NK细胞状态差异组学与生物标志物

对6例CML患者停药后NK细胞重新进行整合计算分析,发现TFR维持者RUNX3/EOMES/ELK4/REL调控子活性更高,而复发者富集FOSL2/MAF模块,AI筛选的基因组合可区分早期复发、晚期复发与持续TFR。 链接

12
AI虚拟细胞模型预测肿瘤靶点依赖与验证提速组学与生物标志物

Turbine用1,200+癌症细胞系AI仿真将DepMap依赖预测相关性提高至0.90,in silico筛选的10个靶点体内验证周期缩短50%、体外验证率翻倍,但尚未披露in vivo数据规模与盲测细节。 链接

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AI设计迷你蛋白靶向p53-R175H肽-MHC-I复合物分子生成与优化

整合式AI平台从头生成<150 aa迷你蛋白,特异性结合HLA-A*02:01呈递的p53-R175H肽-MHC-I复合物,候选物正进行T/NK及CAR-T/NK体外杀伤验证。 链接

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无标记全息断层+深度学习识别癌细胞死亡通路临床与医学AI

以3D全息断层成像结合CNN模型,实现五分类细胞状态99.3%精度,并在荧光标记前2–4小时检出坏死性凋亡,3D体积特征比2D投影在药物响应实验提升约30个百分点。 链接

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MetaGIN:轻量级图同构网络框架提升分子性质预测ADMET 与成药性

提出结合任务感知元学习的MetaGIN,在8个基准数据集上平均ROC-AUC较GIN基线提升2.8%,参数量仅1.2×10^5,单GPU训练1–3分钟完成。 链接

今日观察

今日观察:三篇工作都把“先算后筛”做成闭环,但验证深度呈阶梯落差。Paper 1 用多姿态对接+梯度提升树,把回归型 QSAR 的输入质量直接提上去,虚拟筛得两例低微摩尔 CDK16 抑制剂,不过仍停在 in silico,缺细胞、体内及选择性数据。Paper 3 的 AIMCADD-AIMLinker 平台更进一步,先算三元复合稳定性再 AI 生连接臂,小鼠模型已看到抑瘤降 PSA,给出 in vivo 阳性信号,却只报单剂量,PK/PD 与毒性纵深研究空白。Paper 2 的综述提醒:哪怕跑完 3×300 ns MD,若无实验对照,量子-ML 混合策略的“量子精度”也仍是 in silico 自洽。

给团队的可执行点:把“对接/MD 增强特征”当标准动作,先内测 Paper 1 的多姿态回归框架,快速攒一批低微摩尔级苗头;同时用 Paper 3 的异种移植模型做单剂量初筛,两周内拉出量-效关系,再按 Paper 2 的基准补 500 ns MD,把存活率<50%的化合物优先送体外选择性 panel,打通 in silico→in vitro→in vivo 的迭代闭环,避免“算得准、测得浅”的共性陷阱。

以上内容为个人解读,仅供参考。权威内容请以原论文为准。